Die europäische Wasserrahmenrichtlinie hat zum Ziel, bis 2015 alle Oberflächengewässer und Grundwasser der Mitgliedstaaten in einen „guten ökologischen Zustand“ zu versetzen. Als fachübergreifende Richtlinie vereint sie den Gewässerschutz mit Zielen des Trinkwasser- und Hochwasserschutzes.

Ein solch guter ökologischer Zustand leitet sich neben einer guten Wasserqualität auch von anderen Umweltparametern ab. In einem dreistufigen Verfahren werden neben der Wasserqualität (chemische Gewässergüte) auch die biologische Gewässergüte und die Strukturgüte der Gewässer bewertet. Indikatororganismen wie Fische und Kleinstlebewesen (Makrozoobenthos) zeigen die biologische Qualität (z.B. die Versorgung mit Sauerstoff) an. Für eine gute Strukturgüte ist es entscheidend, dass das Gewässer wenig reguliert ist (z.B. nicht aufgestaut ist) oder dass seine Ufer unbefestigt sind. Erst wenn alle drei Kriterien erfüllt sind, ist das Ziel eines „guten ökologischen Zustands“ gemäß Richtlinie erreicht. Als besondere Herausforderung gelten die großen Bundeswasserstraßen, deren Ufer- und Stromausbau aufgrund der Binnenschifffahrt nicht rückgängig gemacht werden können.

In jedem Mitgliedstaat werden für die Umsetzung der Richtlinie Flussgebietseinheiten eingeteilt, für die Bewirtschaftungspläne entwickelt werden und für die eine Erfolgskontrolle in einem Monitoring festgeschrieben ist.