Das Programm zur nachhaltigen Entwicklung des Rheins der „Internationalen Kommission zum Schutz des Rheins“ (IKSR) ist das Leitbild für eine zukünftige, umweltgerechte Flussentwicklung. Es legt Ziele und Maßnahmen für eine ökologische Aufwertung des Stroms fest, ohne Erfordernisse des Hochwasserschutzes auszublenden. Der von der EU-Wasserrahmenrichtlinie geforderte „gute ökologische Gewässerzustand“ soll durch geeignete Maßnahmen entlang der unterschiedlichen Stromabschnitte erreicht werden. Grundlegende Ziele des Programms sind die Vernetzung von Lebensräumen zu einem Biotopverbund sowie die weitere Optimierung der Wasserqualität bei gleichzeitiger Verbesserung der Hochwasservorsorge. Neben der Anlage von Nebenrinnen und Flutmulden stellen die Entfernung von Uferbefestigungen und Umgestaltung von Leitbauwerken wie Buhnen geeignete Maßnahmen zur Erreichung dieser Ziele dar. Für viele Wanderfische ist die ökologische Durchgängigkeit des Flusses entscheidend. Um anspruchsvolle Fischarten wie Lachs und Nordseeschnäppel wieder erfolgreich anzusiedeln, müssen Wanderbarrieren wie Querbauwerke und Schleusen am Hochrhein entfernt werden oder für Wanderfische durch alternative Aufstiegswege umgehbar sein.