Die Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie ist zusammen mit der Vogelschutzrichtlinie und der Wasserrahmenrichtlinie die aktuell bedeutendste Umweltrichtlinie der Europäischen Union. Ihre Schutzgebiete bilden gemeinsam mit denen der Vogelschutzgebiete das europaweite Netzwerk NATURA 2000. Übergeordnetes Ziel ist der Erhalt natürlicher Lebensräume und wildlebender Tier- und Pflanzenarten in den biogeographischen Regionen Europas. In den Anhängen der Richtlinien sind geschützte Lebensraumtypen sowie Tier- und Pflanzenarten aufgeführt. Die Schutzgebiete zeichnen sich durch das Vorkommen dieser geführten Arten und Biotope aus. Für alle Gebiete gilt ein „Verschlechterungsverbot“. Dies bedeutet, dass alle Aktivitäten, die zu einer potentiellen Verschlechterung des Gebietes oder dem Bestand der dort lebenden bedrohten Arten führen, unzulässig sind. Eingriffe wie Bauvorhaben bedürfen deshalb einer sorgfältigen Kontrolle – der FFH-Verträglichkeitsprüfung. Um die Entwicklungen in den Gebieten zu dokumentieren, sind die Bundesländer verpflichtet, ein regelmäßiges Monitoring durchzuführen.